Málaga pasa a manos cristianas en el siglo XV. Fundado en 1487, el origen de Colmenar estuvo formado por los cortijos de Barrancos, Peñones, Jaral, Ramos y Colmenar (su nombre lo tomará de este último cortijo y alude a su abundancia en colmenas), todo esto perteneciente a Hamet “El Suque”, moro vecino de la villa de Comares y alcaide de la misma y de su castillo, en nombre de los Reyes Católicos.

Estuvo habitado por musulmanes que siguieron viviendo en la zona como mudéjares. En tiempos de Felipe II fue vendido a un particular, Gabriel de Coalla, para sufragar los gastos de una expedición militar.

En 1558 aparece en documentos como Señorío de Colmenar y a partir de 1611, como patrimonio del Primer Vizconde de Colmenar. En 1560 se procedió al deslinde y amojanamiento del término y en 1566 comiénzan las inscripciones de las partidas de Bautismo, Matrimonios y Defunciones.

Colmenar en 1777 consigue su independencia y a principios del siglo XIX ya era cabeza del partido judicial de una buena parte de pueblos de la Axarquía (Alfarnate, Alfarnatejo, Almáchar, El Borge, Periana y Riogordo) e incluso del pueblo de Casabermeja, en los Montes de Málaga.